水上巴士航线共有14条航线、具有经营资质码头28座，客运船舶43艘，总里程56.96公里，是广州市继公共汽车、出租车、地铁后的第4套公交系统，为缓解陆上交通压力、服务市民出行起到了较好的作用。
航线：广州塔-海心沙
营运时间：
广州塔：9:00时-18:00时
海心沙：9:15时-17:45时
班次间隔：
海心沙：每隔30分钟一班次；
广州塔：每隔30分钟一班次。
公交接驳情况：
广州塔码头公交：
广州塔码头站：262、468。
公交线路主要覆盖：客村、赤岗等区域居民和商铺
地铁：三号线（广州塔站）、APM线枢纽站。
海心沙码头公交：
海心沙站：499、866 。海心沙公园：293、499。
地铁：APM线海心沙站。
- 航线：如意坊-坦尾 (2019年1月8日起暂停营运）
- 航线：金沙洲-黄沙（如约定制航线）
营运时间：
金沙洲：上午7:00时、8:00时
下午17:00时、18:00时
黄沙：上午07:30时、8:30时
下午17:30时、18:30时
备注：逢工作日开设如约航班，节假日不开设如约航班。
如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
班次间隔时间：
每隔60分钟一班次
公交接驳情况：
金沙洲彩滨中路公交：
彩滨中路码头站：745
彩滨中码头总站：佛230、746
公交线路主要覆盖：金沙洲居民及商户，佛山南海
黄沙码头公交：
黄沙码头站：1、9、25、57、64、81、105、123、181、188、208、 209、217、219、236、270、281、538、552、556 、夜26、夜1、夜36、夜67、夜72
公交线路主要覆盖：黄沙水产市场商户，沙面风景区，上下九商圈
地铁：1号线黄沙站
- 航线：第一段：芳村-西堤-天字-中大-广州塔（如约定制航线）第二段：天字-中大（短线）
第一段：
营运时间：
芳村：上午07:00时、08:00时，下午17:00时、18:00时
广州塔：上午07:00时、08:00时，下午17:00时、18:00时
备注：1.2020年5月15日起广州塔码头站点临时迁址至广州财富码头站点运营。
2.逢工作日开航，节假日不开设公交航班。
3.如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
班次间隔：
芳村：每隔60分钟一班次；
广州塔：每隔60分钟一班次。
第二段：
营运时间：
中大：7:00-17:00时
天字：7:00-17:45时
备注：天字码头尾班船发班时间为17:45时。
班次间隔：
中大：每隔60分钟一班次；
天字：每隔60分钟一班次。
公交接驳情况：
芳村码头公交：
芳村码头总站:782、966
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
地铁：1号线芳村站
西堤码头公交：
南方大厦总站：1、38、238、251、538、高峰快线36、31、57、64、128、131a、186、208、209、217、219、236、281、552、556、823、旅游2线、夜31、夜26、夜69、夜72
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈
地铁：六号线文化公园站
天字码头公交：
南关站：1、10、183、194、219、544、夜1
天字站码头站：4、57、128、131、208、夜31
公交线路主要覆盖：码头周边商户，北京路商圈
地铁：二号线海珠广场站 六号线北京路站
中大码头公交：
中大北门站8、11、24、121、121A、131A、131B、182、229、247、266、旅游1线、旅游2线、夜6、夜42。公交线路主要覆盖：码头周边住户、新港路、下渡路
广州塔码头公交：
广州塔码头站：262、468。
公交线路主要覆盖：客村、赤岗等区域居民和商铺
地铁：三号线（广州塔站）、APM线枢纽站。
- 航线：鳌洲-西堤
首尾航班时间： 首班船：鳌洲：06：45 西堤：06：52
尾班船：鳌洲：20：15 西堤：20：30
班次间隔时间：每隔15分钟一班次
公交接驳情况：
鳌洲公交：
海幢码头站：131A、131B
滨江西路站：131B
大基头总站：188
公交线路主要覆盖：码头周边住户
西堤码头公交：
南方大厦总站：1、38、238、251、538、高峰快线36、31、57、64、128、131a、186、208、209、217、219、236、281、552、556、823、旅游2线、夜31、夜26、夜69、夜72
公交线路主要覆盖：码头周边商户，人民南、上下九等商圈
地铁：六号线文化公园站
- 航线：第一段：鱼珠-军校-新洲 第二段：深井-新洲
第一段：
首尾航班时间：首班船：鱼珠：07：15 新洲：07：40
尾班船：鱼珠：19:15 新洲：19：40
班次间隔时间：每 60分钟一班
第二段：
首尾航班时间：首班船：深井：05:45 新洲：06:00
尾班船：深井：21:45 新洲：22:00
班次间隔时间：深井码头：7:15-8:15及17:40-18:20每20分钟一班
新洲码头：7:25-8:05及17:50-18:30每20分钟一班
其他时段为每30分钟一班
公交接驳情况：
鱼珠公交：
鱼珠码头总站：431
鱼珠码头：43、261、329、348、B31
公交线路主要覆盖：码头周边住户，文冲工业园
新洲公交：
新洲总站、新洲前站：262、137、夜66
公交线路主要覆盖：码头周边住户，天河南商圈
深井公交：
深井码头总站：430
公交线路主要覆盖：长洲岛西部居民及商户
- 航线：黄沙-芳村
首尾航班时间：双向首班船：06：00 双向尾班船：22：00
班次间隔时间：每隔 10分钟一班船
公交接驳情况：
黄沙码头公交：
黄沙码头站：1、9、25、57、64、81、105、123、181、188、208、 209、217、219、236、270、281、538、552、556 、夜26、夜1、夜36、夜67、夜72
公交线路主要覆盖：黄沙水产市场商户，沙面风景区，上下九商圈
地铁：1号线黄沙站
芳村码头公交：
芳村码头总站:782、966
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
地铁：1号线芳村站
- 航线：天字-纺织
首尾航班时间：首班船：天字：6：38 纺织：6:45
尾班船：天字：18：52 纺织：19:00
班次间时间：每15分钟一班
公交接驳情况：
公交车天字码头站：
4、57、128、131、208、夜31
公交车南关站：
1、10、183、194、219、544、夜1
草芳围：
8; 16; 121a; 121; 131a; 131b; b21; 夜6
- 航线：省总-堑口
首尾航班时间：首班船：堑口：7：00 省总：7:08
尾班船：堑口：18:30 省总：18:40
班次间隔时间：每15分钟一班
公交接驳情况：
公交车长堤或靖海路口站：
4; 57; 58; 61; 64; 128; 131b; 208 ; 219; 236; 广281; 广夜67; 旅游公交2线; 夜16; 夜1; 夜31; 夜69
公交车堑口站：
121a; 121; 131a; 131b
- 航线：白蚬壳-白鹤洞
首尾航班时间：首班船：白蚬壳：7:00 白鹤洞：7:10
尾班船：白蚬壳：18:30 白鹤洞：18:40
班次间隔时间：白蚬壳码头：7:00-8:45以及17:10-18:30每20分钟一班船
白鹤洞码头：7:10-8:30以及17:00-18:40每20分钟一班船
其他时段为30分钟一班船
公交接驳情况：
公交沙渡路(北大附中)站：
583; 967
公交革新路总站(光大花园)站：
243空调; 489; 583; 813; 963; 967; 广123
白蚬壳码头就近接驳沙园地铁站
真光中学(福盛花园)站：
19; 217; 高峰快线46; 广277; 夜11; 夜72
- 航线：鱼珠-长洲
首尾航班时间：首班船：鱼珠：05:45 长洲：05:45
尾班船：鱼珠：23:50 长洲：24:00
班次间隔时间：高峰时段：（7:00-9：00；17:00-19:00）每10分钟一班船
夜班船开行时间：鱼珠码头：22:00、22:30、23:10、23:50
长洲码头：22:15、22:50、23:30、24:00
其他时段为每15分钟一班船
公交接驳情况：
鱼珠公交：
鱼珠码头总站：431
鱼珠码头：43、261、329、348、B31
公交线路主要覆盖：码头周边住户，文冲工业园
公交长洲码头总站：
383; 430; 夜65
- 航线：长洲-鱼珠-海心沙（如约定制航线）
7:00、7:30、8:00由长洲开往海心沙
17:30、18:00、18:30由海心沙开往长洲
说明： 如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
海心沙公交 海心沙公园站：293、886
公交线路主要覆盖：珠江新城内居民及商户，天河南商圈
地铁：APM线海心沙站
鱼珠公交 鱼珠码头总站：431 鱼珠码头：43、261、348、B31
公交线路主要覆盖：码头周边住户，文冲工业园
长洲公交 长洲码头总站：383、430、夜65
公交线路主要覆盖：长洲岛东部居民及商户
- 航线：南浦锦绣半岛-黄沙（如约定制航线）
首尾航班时间：双向首班船：07：05 双向尾班船：18：25
班次间隔时间：9:00-17:00时，每隔 60分钟一班船
说明：工作日每天设4个固定航班（南浦至黄沙方向07:05时、07:45时；黄沙至南浦方向17:45时、18:25时）
如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班固定航班无需预约，定制航班提前3天在广州定制公交平台开放预约，航班前一天的20:00时截止，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
公交接驳情况：
黄沙码头公交：
黄沙码头站：1、9、25、57、64、81、105、123、181、188、208、 209、217、219、236、270、281、538、552、556 、夜26、夜1、夜36、夜67、夜72
公交线路主要覆盖：黄沙水产市场商户，沙面风景区，上下九商圈
地铁：1号线黄沙地铁站
南浦锦绣半岛码头公交：
?
南浦锦绣半岛总站:番57、310、311
公交线路主要覆盖：码头周边住户。
地铁：2号线南浦地铁站
- 航线：石围塘-黄沙-坦尾-石围塘（如约定制航线）
营运时间：
石围塘：7:00-18:15
班次间隔：
每隔45分钟一班次
说明： 如约定制航线的航班需通过广州定制公交平台（APP或微信号）约满一定人数后才发班，具体以广州定制公交平台发布内容为准。
公交接驳：
石围塘公交 石围塘码头站：783 公交线路主要覆盖：码头周边住户，坦尾岛
黄沙码头公交 黄沙码头站：1、9、25、57、64、75、广81、105、广123、181、188、208、209、217、219、236、270、281、538、552、556、高峰快线50、高峰快线53、夜1、夜26、夜37、夜67、夜72
公交线路覆盖：黄沙水产市场商户，沙面风景区，上下九商圈 地铁：1号线黄沙站
坦尾公交 坦尾总站：416 公交线路主要覆盖：坦尾岛居民及商户
